工程建設擬分兩期進行，一期日處理污水量為260萬噸，占地280畝，投資4.34億元，于2003年3月破土動工，2004年3月底進行正式投藥試運行。一期工程裝有1萬伏、710千瓦提升水泵5臺（4用1備），每天抽水量260萬噸；設有60個長115米、寬8米的沉淀池，分南北兩區均布；設有4個直徑35米的污泥濃縮池；設有39臺套設備的供藥車間；設有污泥脫水的10臺3米帶寬的帶式壓濾機和3臺D5LL型的離心脫水機，日處理干污泥量260噸。東莞運河于2004年10月與市內原來流入東江的寒溪河、石馬河連通后，日流量達400余萬噸，成為市內最大的一條納污河。凈化廠在東城區下橋村開始攔截運河水，將又黑又臭的生活和工業污水引入廠區進行化學一級強化處理，主要通過投放PAFC、PAM藥劑使水中懸浮物、色素、有機污染物等被絮凝去除，然后再將處理后的清水重新流入運河。凈化廠的建成投產，大大地改變了東莞運河又黑又臭的狀況。

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